데이터가 흩어져 있고 도구는 서로 연동되지 않으며 실험 기록까지 불분명하면 연구에 차질이 생길 수 있습니다. 데이터를 보관하는 곳과 분석하는 곳이 다르고, 결과를 얻은 과정을 기록한 곳도 따로 있을 수 있습니다. 근거를 바탕으로 다음에 무엇을 조사할지 결정하려면 데이터와 분석, 실험 기록을 함께 살펴볼 수 있어야 합니다.
이러한 연구 과정을 한곳에 모으기 위해 Rosalind Workbench를 만들었습니다.
생명과학 연구자는 이곳에서 평소 즐겨 쓰는 과학 도구를 활용하고, 생물학에 특화된 새로운 모델을 살펴보고, 자주 사용하는 데이터 분석 워크플로우를 정의할 수 있습니다. 이 가상 연구 환경은 연구자가 프런티어 모델과 최신 과학 도구를 충분히 활용해 연구 속도를 높일 수 있도록 각 단계를 안내합니다.
Rosalind Workbench는 ChatGPT 앱에서 연구 프리뷰로 이용할 수 있습니다. 연구자는 안내에 따라 연구 작업을 시도해 보고 자신의 데이터와 방법, 연구 목표에 맞게 조정할 수 있습니다.
Rosalind Workbench는 OpenAI의 생명과학 전용 모델인 GPT-Rosalind를 기반으로 합니다. 이 모델은 프런티어 수준의 추론 능력을 바탕으로 의약화학, 유전체학, 실험실 연구 지원 등 다양한 과학 분야의 전문 도구를 조율합니다. 앞으로는 여러 에이전트가 팀을 이루어 분야를 넘나들며 협력함으로써 연구자가 더 폭넓은 전문 지식을 활용하고 더 도전적인 연구 질문을 탐구할 수 있을 것으로 기대합니다.
과학 연구 워크플로우 살펴보기
분야마다 사용하는 데이터와 방법은 다르지만, 연구에 필요한 것은 대체로 비슷합니다. 생물학적 질문에 답할 적절한 근거를 찾고, 그 근거를 바탕으로 다음에 무엇을 할지 판단할 수 있어야 합니다.
연구가 하나의 도구 안에서 끝나는 경우는 드뭅니다. 질병의 발생 기전을 연구한다고 생각해 보세요. 유전체 데이터에서 신호를 포착한 뒤 분자 구조를 살펴보고, 문헌에서 근거를 찾아 새로운 실험을 설계할 수 있습니다. 단계마다 데이터와 방법이 달라져도 답하려는 생물학적 질문은 같습니다.
Rosalind Workbench는 이 단계들을 연결합니다. 먼저 안내에 따라 예제를 살펴보며 어떤 연구가 가능한지 파악한 뒤, 자신의 데이터와 방법, 연구 목표에 맞게 접근법을 조정할 수 있습니다. 각 예제에서는 계획과 중간 결과, 뒷받침하는 근거를 함께 확인하면서 여러 전문 도구로 하나의 생물학적 질문을 탐구하는 과정을 보여 줍니다.
단백질의 분자 구조 살펴보기
이 예제에서 연구자는 세마글루타이드와 결합한 GLP1R의 구조를 조사합니다. 모델에 뷰어를 조작해 PDB 파일에 나타난 구조적 특징을 설명하고 단백질 복합체의 주요 특징을 보여 주는 영상을 만들도록 요청합니다.
연구 근거 자세히 살펴보기
전문 뷰어를 사용하면 분석을 진행하던 대화 안에서 과학 데이터를 살펴볼 수 있습니다. 데이터의 세부 사항을 확인하고 후속 질문을 하면서 관찰한 내용을 분석과 연결할 수 있습니다.
Rosalind Workbench 시작하기
이 워크플로우를 사용해 보려면 ChatGPT 앱에서 Rosalind Workbench를 열고 안내에 따라 초기 설정을 진행하세요.
1. 생물학적 질문에서 출발하기
시작 화면에는 단백질 설계, 저분자 설계, 안전성 및 개발 가능성, 구조 및 서열, 유전체학 및 병리학, 실험 검증에 걸친 연구 작업이 마련되어 있습니다. 작업을 선택하거나 사용할 수 있는 과학 도구를 살펴보세요.
2. 전문 과학 도구 연결하기
다음 단계는 연구 질문에 따라 달라집니다. 예를 들어 PD-L1 나노바디를 설계하는 연구자는 유력 후보의 순위를 매긴 뒤 실험 검증 작업을 통해 나노바디 5종의 결합 분석을 계획하고 비용을 산출할 수 있습니다. 저분자를 연구한다면 이마티닙을 ABL1에 도킹한 뒤 상위 5개 결합 자세를 살펴보고 분자 구조 도구에서 각 자세의 상호작용을 확인할 수 있습니다.
마찬가지로 유전체학 연구자는 덱사메타손 처리 기도 시료의 RNA-seq 작업을 선택해 NGS Analysis Workbench에서 생물학적 질문과 연결된 분석을 시작할 수 있습니다.
이 예제들은 하나의 연구 목표에 맞춰 설계와 분석, 관찰, 검증을 진행하는 방법을 보여 줍니다. 단계별 안내가 있는 워크플로우를 이용하면 도구를 바꿀 때 필요한 설정이 줄어들어 생물학적 질문을 고민하고 근거를 검토하는 데 더 많은 시간을 쓸 수 있습니다.
3. 안내에 따라 유전체 연구 워크플로우 실행하기
시퀀싱 결과의 생물학적 의미를 해석하려면 여러 데이터셋을 연결하고 분석 단계마다 앞선 판단을 고려해 결정을 내려야 하는 경우가 많습니다. 파일을 해당 메타데이터와 연결하고, 데이터 품질을 평가하고, 어떤 시료가 생물학적 반복 시료인지 정확히 확인한 뒤 적절한 통계 설계를 선택해야 합니다.
Rosalind NGS Workbench는 이 단계들을 하나로 연결해 연구자가 전체 과정을 검토할 수 있도록 돕습니다.
시퀀싱 데이터에서 연구 방향을 결정하기까지
FASTQ 파일을 입력해 품질 관리를 수행하거나 bulk RNA-seq 또는 단일 세포 분석을 진행할 때, Rosalind는 연구자가 승인할 계획을 마련하고 선택한 도구를 조율합니다. 연구자는 결과를 검토하고 그 결과가 나온 과정까지 추적할 수 있습니다.
Rosalind Workbench 살펴보기
어디서 시작하든 목표는 같습니다. 연구 질문에서 출발해 직접 살펴볼 수 있는 근거를 찾고, 연구를 어떻게 진행했으며 다음에는 무엇을 탐구할 수 있는지 명확히 기록하는 것입니다.
고도화된 생명과학 연구에는 복잡한 추론 능력과 민감한 생물학적 정보에 적합한 보호 장치가 모두 필요합니다. Rosalind Workbench의 ChatGPT 에이전트는 두 가지 모드를 지원합니다.
탐색 모드: 이용 가능한 ChatGPT 모델로 일반적인 과학 질문을 하고 아이디어를 탐색할 수 있습니다.
연구 모드: 더 복잡한 생물학적 질문을 탐구하고 심층 분석과 고급 연구 워크플로우를 진행할 수 있습니다. 조직 소속임이 확인된 구성원은 조직을 대표해 이용을 신청할 수 있습니다. 개인 이용도 곧 지원할 예정입니다.
연구의 모든 단계를 한곳에서 연결하기
연구는 한 단계에서 다음 단계로 넘어갈 때 지체되곤 합니다. 데이터 보관과 분석이 서로 다른 곳에서 이루어지고, 어떤 방법으로 결과를 얻었는지 추적하기도 어렵습니다. 연구자는 다음에 할 일을 정하기도 전에 인계를 기다리고, 연구 맥락을 되짚고, 앞선 단계에서 무슨 일이 있었는지 파악하는 데 너무 많은 시간을 씁니다.
질문과 도구, 분석, 근거를 한곳에 모으면 단계 간의 연결을 파악하기가 쉬워집니다. Rosalind Workbench에서는 중요한 결정을 검토하고 결과를 얻은 과정을 따라가며, 처음부터 다시 시작하거나 연구 맥락을 놓치는 일 없이 다음 단계로 넘어갈 수 있습니다. 연구를 조율하는 시간이 줄어든 만큼 근거가 무엇을 말해 주는지 판단하고 다음에 무엇을 검증할지 정하는 데 더 많은 시간을 쓸 수 있습니다.
이용 방법
궁금한 점은 support@openai.com으로 문의하세요.