Verstreute Daten, voneinander getrennte Tools und unklare Versuchsprotokolle können wissenschaftliche Arbeit erschweren: Die Daten liegen womöglich an einem Ort, die Analyse an einem anderen und die Dokumentation, wie ein Ergebnis zustande kam, wieder woanders. Um anhand der Belege zu entscheiden, was du als Nächstes untersuchst, müssen diese Teile miteinander verknüpft bleiben.
Deshalb haben wir Rosalind Workbench entwickelt: um diese Arbeit in einer Umgebung zusammenzuführen.
Rosalind Workbench bietet Menschen in den Biowissenschaften eine zentrale Umgebung, in der sie ihre bevorzugten wissenschaftlichen Tools nutzen, neue spezialisierte Biologiemodelle erkunden und ihre häufigsten Abläufe zur Datenanalyse festlegen können. Diese virtuelle Werkbank begleitet Forschende Schritt für Schritt. Sie hilft ihnen, die Möglichkeiten führender Modelle und modernster wissenschaftlicher Tools auszuschöpfen und so ihre Forschung zu beschleunigen.
Rosalind Workbench ist als Forschungsvorschau in der ChatGPT App verfügbar. Dort können Forschende angeleitete wissenschaftliche Aufgaben ausprobieren und an ihre eigenen Daten, Methoden und Forschungsziele anpassen.
Rosalind Workbench basiert auf GPT-Rosalind, unserem speziell für die Biowissenschaften entwickelten Modell. Es verbindet hochentwickelte Fähigkeiten zum logischen Denken mit der Orchestrierung spezialisierter Tools für Medizinalchemie, Genomik, die Unterstützung im Nasslabor und weitere wissenschaftliche Anwendungen. Langfristig stellen wir uns Teams von Agenten vor, die über diese Bereiche hinweg zusammenarbeiten. So könnten Forschende auf umfassenderes Fachwissen zugreifen und anspruchsvolleren wissenschaftlichen Fragen nachgehen.
Wissenschaftliche Arbeitsabläufe erkunden
Verschiedene Fachgebiete nutzen unterschiedliche Daten und Methoden. Die grundlegende Anforderung ist jedoch oft dieselbe: eine biologische Frage mit den passenden Belegen verknüpfen und den Weg zur nächsten Entscheidung aufzeigen.
Forschung lässt sich selten vollständig in einem einzigen Tool abbilden. Eine Frage zu einem Krankheitsmechanismus kann beispielsweise mit einem genomischen Signal beginnen, zu einer Molekülstruktur führen, Belege aus der Literatur erfordern und in einem neuen Versuchsdesign münden. Jeder Schritt nutzt andere Daten und Methoden, muss aber weiterhin zur Beantwortung derselben biologischen Frage beitragen.
Rosalind Workbench hilft, diese Teile zu verbinden: Du kannst mit einem angeleiteten Beispiel beginnen, um die Möglichkeiten kennenzulernen, und den Ansatz dann an deine Daten, Methoden und dein Forschungsziel anpassen. Jedes Beispiel zeigt, wie sich eine biologische Frage mit verschiedenen spezialisierten Tools bearbeiten lässt, während Plan, Zwischenergebnisse und zugehörige Belege miteinander verknüpft bleiben.
Molekulare Proteinstruktur erkunden
In diesem Beispiel untersucht eine forschende Person die Struktur von GLP1R mit gebundenem Semaglutid. Sie weist das Modell an, den Viewer zu bedienen, Strukturmerkmale in der PDB-Datei zu erläutern und einen Film zu erstellen, der die wichtigsten Merkmale des Proteinkomplexes zeigt.
Die Belege prüfen
Mit den spezialisierten Viewern kannst du wissenschaftliche Daten in derselben Unterhaltung untersuchen, in der auch die Analyse stattfindet. Du kannst dir Details ansehen und Rückfragen stellen. Dabei bleiben deine Beobachtungen mit der Analyse verknüpft.
Erste Schritte mit Rosalind Workbench
Um diese Arbeitsabläufe auszuprobieren, öffne Rosalind Workbench in der ChatGPT App und folge der schrittweisen Einführung.
1. Beginne mit einer biologischen Frage
Der Startbildschirm bietet Forschungsaufgaben zu Proteindesign, dem Design kleiner Moleküle, Sicherheit und Entwickelbarkeit, Struktur und Sequenz, Genomik und Pathologie sowie experimenteller Validierung. Du kannst eine Aufgabe auswählen oder die verfügbaren wissenschaftlichen Tools erkunden.
2. Verbinde spezialisierte wissenschaftliche Tools
Der nächste Schritt hängt von der Frage ab. Wer beispielsweise PD-L1-Nanobodies entwickelt, könnte die aussichtsreichsten Kandidaten in eine Rangfolge bringen und anschließend mit der Aufgabe zur experimentellen Validierung Bindungsassays für fünf Nanobodies planen und deren Kosten ermitteln. Wer mit kleinen Molekülen arbeitet, könnte Imatinib in ABL1 docken, die fünf besten Posen prüfen und die daraus resultierenden Wechselwirkungen mit den Tools für Molekülstrukturen untersuchen.
Ebenso bietet die Aufgabe zur RNA-seq-Analyse dexamethasonbehandelter Atemwegsproben Forschenden in der Genomik einen Einstieg in NGS Analysis Workbench. Dabei bleibt die biologische Frage mit der Analyse verknüpft.
Diese Aufgaben zeigen, wie Design, Analyse, Prüfung und Validierung auf dasselbe Forschungsziel ausgerichtet sein können. Die angeleiteten Arbeitsabläufe verringern den Setup-Aufwand beim Wechsel zwischen Tools. So bleibt mehr Zeit, sich mit der biologischen Frage zu beschäftigen und die Belege zu prüfen.
3. Nutze angeleitete Forschungsabläufe für deine genomischen Studien
Bei der Sequenzierungsanalyse sind oft viele miteinander verknüpfte Entscheidungen und Datensätze nötig, bevor sich ein biologisches Ergebnis interpretieren lässt. Dateien müssen den Metadaten zugeordnet, die Qualität bewertet, das richtige biologische Replikat identifiziert und ein geeignetes statistisches Design ausgewählt werden.
Rosalind NGS Workbench hilft, diese Schritte in einem überprüfbaren Prozess zu verbinden.
Von Sequenzierungsdaten zu einer Forschungsentscheidung
Von FASTQ-Eingabedaten bis hin zu Qualitätskontrolle, bulk RNA-seq oder Einzelzellanalyse: Rosalind erstellt einen Plan zur Genehmigung durch die Forschenden, koordiniert die ausgewählten Tools und liefert nachvollziehbare, überprüfbare Ergebnisse.
Rosalind Workbench erkunden
Wie auch immer du beginnst, das Ziel bleibt dasselbe: von einer Forschungsfrage zu Belegen gelangen, die du prüfen kannst. Dabei wird klar dokumentiert, wie die Arbeit durchgeführt wurde und was du als Nächstes untersuchen kannst.
Anspruchsvolle biowissenschaftliche Forschung erfordert sowohl komplexes logisches Denken als auch angemessene Schutzmaßnahmen für sensible biologische Informationen. Der ChatGPT-Agent in Rosalind Workbench unterstützt zwei Modi:
Modus „Entdecken“: Stelle allgemeine wissenschaftliche Fragen und erkunde Ideen mit den ChatGPT-Modellen, die dir zur Verfügung stehen.
Modus „Recherche“: Bearbeite komplexere biologische Fragen, führe eingehende Analysen durch und nutze fortgeschrittene Forschungsabläufe. Verifizierte Organisationsmitglieder können im Namen ihrer Organisation Zugang beantragen. Der Zugang für Einzelpersonen ist in Kürze verfügbar.
Alle Teile deiner Forschung zusammenführen
Forschung gerät oft an den Übergängen zwischen Arbeitsschritten ins Stocken. Daten liegen an einem Ort, die Analyse findet anderswo statt, und die Methoden hinter einem Ergebnis lassen sich mitunter schwer nachvollziehen. Forschende verbringen zu viel Zeit damit, auf Übergaben zu warten, den Kontext erneut zusammenzutragen und bisherige Abläufe nachzuvollziehen, bevor sie über die nächsten Schritte entscheiden können.
Wenn Fragestellung, Tools, Analyse und Belege an einem Ort zusammenkommen, lassen sich diese Übergänge leichter nachvollziehen. Mit Rosalind Workbench kannst du wichtige Entscheidungen überprüfen, nachvollziehen, wie ein Ergebnis zustande kam, und von einem Schritt zum nächsten übergehen, ohne von vorn anzufangen oder den Faden zu verlieren. So brauchst du weniger Zeit für die Koordination und hast mehr Zeit, um zu beurteilen, was die Belege aussagen und was du als Nächstes testen solltest.
Zugang erhalten
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