Des données dispersées, des outils qui ne communiquent pas entre eux et des expériences mal documentées peuvent freiner la recherche. Les données se trouvent parfois à un endroit, l’analyse à un autre, et il faut encore chercher ailleurs pour savoir comment un résultat a été obtenu. Pour décider quelle piste suivre à la lumière des résultats, il faut pouvoir relier tous ces éléments.
Nous avons créé Rosalind Workbench pour réunir toutes ces étapes dans un même environnement.
Les chercheurs en sciences de la vie peuvent y utiliser leurs outils scientifiques favoris, découvrir de nouveaux modèles spécialisés en biologie et définir les workflows d’analyse de données qu’ils utilisent le plus souvent. Ce laboratoire virtuel les guide dans l’utilisation de modèles de pointe et d’outils scientifiques de dernière génération pour accélérer leurs recherches.
Rosalind Workbench est disponible en avant-première pour la recherche dans l’application ChatGPT. Les chercheurs peuvent y essayer des tâches scientifiques guidées et les adapter à leurs données, à leurs méthodes et à leurs objectifs de recherche.
Rosalind Workbench s’appuie sur GPT-Rosalind, notre modèle dédié aux sciences de la vie. Il associe des capacités de raisonnement de pointe à la coordination d’outils spécialisés en chimie médicinale, en génomique, pour l’assistance aux expériences en laboratoire et pour d’autres applications scientifiques. À terme, nous envisageons des équipes d’agents capables de collaborer dans ces différents domaines. Les chercheurs pourraient ainsi mobiliser des compétences plus variées et aborder des questions scientifiques plus ambitieuses.
Découvrir les workflows scientifiques
Les données et les méthodes varient d’une discipline à l’autre, mais le besoin est souvent le même. Il faut déterminer quels éléments permettent de répondre à une question biologique et comment s’en servir pour prendre la décision suivante.
Un seul outil suffit rarement à mener une recherche de bout en bout. Prenons l’étude du mécanisme d’une maladie. Un signal génomique peut conduire à examiner une structure moléculaire, puis à rechercher des éléments dans la littérature scientifique avant de concevoir une nouvelle expérience. Chaque étape fait appel à des données et à des méthodes différentes, mais toutes doivent contribuer à répondre à la même question biologique.
Rosalind Workbench vous aide à relier ces étapes. Vous pouvez partir d’un exemple guidé pour découvrir les possibilités, puis adapter la démarche à vos données, à vos méthodes et à votre objectif de recherche. Chaque exemple montre comment étudier une question biologique à l’aide de plusieurs outils spécialisés tout en gardant le lien entre le plan de recherche, les résultats intermédiaires et les éléments qui les étayent.
Explorer la structure moléculaire d’une protéine
Dans cet exemple, une chercheuse étudie la structure du récepteur GLP1R lié au sémaglutide. Elle demande au modèle de manipuler la structure dans l’outil de visualisation, d’expliquer les caractéristiques structurales visibles dans le fichier PDB et de créer une vidéo qui montre les principaux éléments du complexe protéique.
Examiner les données qui étayent l’analyse
Les outils de visualisation spécialisés vous permettent d’examiner les données scientifiques dans la conversation où vous les analysez. Vous pouvez observer un détail et poser des questions complémentaires sans perdre le lien entre vos observations et l’analyse.
Premiers pas avec Rosalind Workbench
Pour essayer ces workflows, ouvrez Rosalind Workbench dans l’application ChatGPT et suivez le parcours de prise en main.
1. Partez d’une question biologique
L’écran d’accueil propose des tâches de recherche dans plusieurs domaines : conception de protéines et de petites molécules, évaluation de leur sécurité et de leur potentiel de développement, étude des structures et des séquences, génomique et anatomopathologie, validation expérimentale. Vous pouvez sélectionner une tâche ou découvrir les outils scientifiques disponibles.
2. Combinez des outils scientifiques spécialisés
L’étape suivante dépend de la question étudiée. Par exemple, si vous concevez des nanocorps ciblant PD-L1, vous pouvez classer les candidats les plus prometteurs, puis utiliser la tâche de validation expérimentale pour planifier des essais de liaison sur cinq nanocorps et en estimer le coût. Si vous travaillez sur de petites molécules, vous pouvez simuler l’amarrage de l’imatinib à ABL1, examiner les cinq poses les mieux classées et étudier les interactions correspondantes dans les outils de visualisation des structures moléculaires.
De même, pour une étude en génomique, la tâche d’analyse RNA-seq d’échantillons des voies respiratoires traités à la dexaméthasone permet de démarrer dans NGS Analysis Workbench en gardant la question biologique associée à l’analyse.
Ces tâches montrent comment la conception, l’analyse, l’examen des résultats et la validation peuvent concourir au même objectif de recherche. Les workflows guidés simplifient la configuration nécessaire pour passer d’un outil à l’autre. Vous avez ainsi davantage de temps pour approfondir la question biologique et examiner les éléments qui permettent d’y répondre.
3. Utilisez des workflows de recherche guidés pour vos études génomiques
Avant de pouvoir interpréter un résultat biologique à partir de données de séquençage, il faut souvent croiser plusieurs jeux de données et prendre une série de décisions qui dépendent les unes des autres. Il faut associer les fichiers à leurs métadonnées, évaluer la qualité des données, identifier le bon réplicat biologique et choisir un plan d’analyse statistique adapté.
Rosalind NGS Workbench réunit ces étapes dans une démarche dont vous pouvez vérifier le déroulement.
Des données de séquençage à la décision scientifique
À partir de fichiers FASTQ, qu’il s’agisse de contrôler la qualité, de réaliser une analyse bulk RNA-seq ou de mener une analyse à l’échelle de la cellule unique, Rosalind soumet un plan à votre approbation, coordonne les outils sélectionnés et fournit des résultats dont vous pouvez retracer l’origine et vérifier le contenu.
Explorer Rosalind Workbench
Quel que soit votre point de départ, l’objectif reste le même : partir d’une question de recherche pour réunir des éléments que vous pouvez examiner, tout en gardant une trace claire du travail réalisé et des pistes à explorer ensuite.
La recherche avancée en sciences de la vie exige à la fois un raisonnement complexe et des mesures de protection adaptées aux informations biologiques sensibles. L’agent ChatGPT de Rosalind Workbench propose deux modes.
Mode Exploration : posez des questions scientifiques générales et explorez des idées à l’aide des modèles ChatGPT auxquels vous avez accès.
Mode Recherche : étudiez des questions biologiques plus complexes, menez des analyses approfondies et utilisez des workflows de recherche avancés. Les membres vérifiés d’une organisation peuvent demander l’accès au nom de celle-ci. L’accès à titre individuel sera bientôt disponible.
Réunir toutes les étapes de votre recherche
C’est souvent entre deux étapes que la recherche prend du retard. Les données se trouvent à un endroit, l’analyse se fait ailleurs et il peut être difficile de retrouver les méthodes qui ont permis d’obtenir un résultat. Avant de décider de la suite, les chercheurs passent trop de temps à attendre qu’on leur transmette les travaux, à en reconstituer le contexte et à comprendre ce qui a déjà été fait.
Réunir la question, les outils, l’analyse et les éléments qui l’étayent permet de mieux suivre le passage d’une étape à l’autre. Avec Rosalind Workbench, vous pouvez revenir sur les décisions importantes, retracer la démarche qui a conduit à un résultat et passer à l’étape suivante sans repartir de zéro ni perdre le fil. Vous consacrez ainsi moins de temps à la coordination et davantage à l’interprétation des résultats et au choix de la prochaine hypothèse à tester.
Accéder à Rosalind Workbench
Pour toute question, écrivez à support@openai.com.