Los datos fragmentados, las herramientas desconectadas y los registros experimentales poco claros pueden dificultar el trabajo científico. Los datos pueden estar en un lugar, el análisis en otro y el registro de cómo se obtuvo un resultado en un tercero. Para seguir la evidencia, necesitas mantener conectados esos elementos mientras decides qué investigar a continuación.
Por eso creamos Rosalind Workbench: para reunir ese trabajo en un solo entorno.
Rosalind Workbench ofrece a quienes trabajan en ciencias de la vida un entorno centralizado donde pueden aprovechar sus herramientas científicas favoritas, explorar nuevos modelos especializados en biología y definir los flujos de trabajo que más usan para analizar datos. Este entorno virtual guía a los científicos para que aprovechen al máximo los modelos de vanguardia y las herramientas científicas más avanzadas y así aceleren sus investigaciones.
Rosalind Workbench está disponible en versión preliminar de investigación en la app de ChatGPT. Allí, los investigadores pueden probar tareas científicas guiadas y adaptarlas a sus propios datos, métodos y objetivos de investigación.
Rosalind Workbench se basa en GPT-Rosalind, nuestro modelo especializado en ciencias de la vida. El modelo combina el razonamiento de vanguardia con la coordinación de herramientas especializadas en química medicinal, genómica, asistencia en el trabajo experimental de laboratorio y otras aplicaciones científicas. A futuro, imaginamos equipos de agentes que colaboren en estas áreas para que los investigadores tengan acceso a conocimientos de más especialidades y puedan abordar preguntas científicas más ambiciosas.
Explorar flujos de trabajo científicos
Cada disciplina utiliza datos y métodos distintos, pero la necesidad de fondo suele ser la misma: vincular una pregunta biológica con la evidencia pertinente y tener claro cómo llegar a la siguiente decisión.
Una investigación rara vez se puede llevar a cabo con una sola herramienta. Piensa en una pregunta sobre el mecanismo de una enfermedad: la investigación podría comenzar con una señal genómica, llevar al estudio de una estructura molecular, requerir evidencia de la literatura científica y culminar en un nuevo diseño experimental. Cada paso utiliza datos y métodos distintos, pero todos deben contribuir a responder la misma pregunta biológica.
Rosalind Workbench te ayuda a conectar esos elementos. Puedes comenzar con un ejemplo guiado para conocer las posibilidades y luego adaptar el enfoque a tus datos, tus métodos y tu objetivo de investigación. Cada ejemplo muestra cómo usar distintas herramientas especializadas para abordar una pregunta biológica sin perder la conexión entre el plan, los resultados intermedios y la evidencia que los respalda.
Explora la estructura molecular de una proteína
En este ejemplo, una investigadora estudia la estructura del receptor GLP1R unido a la semaglutida. Le pide al modelo que interactúe con el visor, explique las características estructurales que aparecen en el archivo PDB y cree un video que muestre las características principales del complejo proteico.
Examinar la evidencia
Los visores especializados te permiten examinar los datos científicos en la misma conversación en la que realizas el análisis. Puedes revisar los detalles, hacer preguntas de seguimiento y relacionar lo que observas con el análisis.
Primeros pasos con Rosalind Workbench
Para probar estos flujos de trabajo, abre Rosalind Workbench en la app de ChatGPT y sigue la guía inicial.
1. Empieza con una pregunta biológica
La pantalla inicial ofrece tareas de investigación en diseño de proteínas, diseño de moléculas pequeñas, seguridad y viabilidad de desarrollo, estructura y secuencia, genómica y patología, y validación experimental. Puedes seleccionar una tarea o explorar las herramientas científicas disponibles.
2. Conecta herramientas científicas especializadas
El siguiente paso depende de la pregunta. Por ejemplo, quien diseña nanoanticuerpos contra PD-L1 podría clasificar los candidatos más prometedores y luego usar la tarea de validación experimental para planificar ensayos de unión con cinco nanoanticuerpos y calcular su costo. Quien trabaja con moléculas pequeñas podría simular el acoplamiento del imatinib a ABL1, inspeccionar las cinco poses de acoplamiento mejor clasificadas y examinar las interacciones resultantes con las herramientas de estructura molecular.
De manera similar, la tarea de RNA-seq con muestras de vías respiratorias tratadas con dexametasona ofrece a quienes investigan en genómica un punto de partida en NGS Analysis Workbench y mantiene la pregunta biológica vinculada al análisis.
Estas tareas muestran cómo el diseño, el análisis, la inspección y la validación pueden contribuir a un mismo objetivo de investigación. Con los flujos de trabajo guiados, pasar de una herramienta a otra requiere menos preparación, lo que deja más tiempo para reflexionar sobre la pregunta biológica y revisar la evidencia.
3. Ejecuta flujos de investigación guiados para tus estudios genómicos
Para interpretar un resultado biológico a partir de datos de secuenciación, a menudo hay que relacionar varios conjuntos de datos y tomar decisiones que dependen unas de otras. Hay que asociar cada archivo con sus metadatos, evaluar la calidad, identificar la réplica biológica correcta y elegir un diseño estadístico adecuado.
Rosalind NGS Workbench ayuda a reunir esos pasos en un solo proceso que puedes revisar.
De los datos de secuenciación a una decisión de investigación
Desde los archivos de entrada FASTQ hasta el control de calidad, el RNA-seq bulk o el análisis de células individuales, Rosalind prepara un plan para que el investigador lo apruebe, coordina las herramientas seleccionadas y entrega resultados que se pueden revisar y rastrear hasta su origen.
Explorar Rosalind Workbench
Sea cual sea tu punto de partida, el objetivo es el mismo: pasar de una pregunta de investigación a evidencia que puedas examinar, con un registro claro de cómo se hizo el trabajo y de lo que puedes explorar a continuación.
La investigación avanzada en ciencias de la vida requiere tanto razonamiento complejo como medidas de protección adecuadas para la información biológica sensible. El agente de ChatGPT en Rosalind Workbench ofrece dos modos:
Modo de exploración: haz preguntas científicas generales y explora ideas con los modelos de ChatGPT a los que tienes acceso.
Modo de investigación: aborda preguntas biológicas más complejas, realiza análisis en profundidad y utiliza flujos de trabajo avanzados de investigación. Los miembros verificados de una organización pueden solicitar acceso en nombre de ella. El acceso individual estará disponible próximamente.
Reunir todas las etapas de tu investigación
La investigación suele demorarse al pasar de una etapa a otra. Los datos se guardan en un lugar, el análisis se hace en otro y puede ser difícil rastrear los métodos con los que se obtuvo un resultado. Antes de poder decidir cómo seguir, los investigadores pasan demasiado tiempo esperando a que otros les entreguen el trabajo, reconstruyendo el contexto y averiguando qué se hizo.
Tener la pregunta, las herramientas, el análisis y la evidencia en un mismo lugar facilita el seguimiento de esas transiciones. Con Rosalind Workbench, puedes revisar las decisiones importantes, ver cómo se obtuvo un resultado y pasar de una etapa a otra sin tener que empezar de nuevo ni perder el hilo. Así dedicas menos tiempo a coordinar el trabajo y más a interpretar la evidencia y decidir qué poner a prueba a continuación.
Cómo obtener acceso
Si tienes preguntas, escribe a support@openai.com.