Dados fragmentados, ferramentas desconectadas e registros experimentais pouco claros podem dificultar o trabalho científico. Os dados podem estar em um lugar, a análise em outro e o registro de como se chegou a um resultado em um terceiro. Para decidir o que investigar a seguir com base nas evidências, é preciso manter essas informações conectadas.
Foi para reunir esse trabalho em um só ambiente que criamos o Rosalind Workbench.
Nele, quem trabalha com ciências da vida pode usar suas ferramentas científicas preferidas, explorar novos modelos especializados em biologia e definir os fluxos de análise de dados que usa com mais frequência. Essa bancada virtual orienta os cientistas no uso de modelos de fronteira e ferramentas científicas de ponta para que possam tirar o máximo proveito desses recursos e acelerar suas pesquisas.
O Rosalind Workbench está disponível em versão preliminar de pesquisa no aplicativo do ChatGPT. Nele, pesquisadores podem experimentar tarefas científicas guiadas e adaptá-las aos seus dados, métodos e objetivos de pesquisa.
O Rosalind Workbench se baseia no GPT-Rosalind, nosso modelo dedicado às ciências da vida. Ele combina raciocínio de fronteira com a coordenação de ferramentas especializadas em química medicinal, genômica, apoio a experimentos de bancada e outras aplicações científicas. No futuro, imaginamos equipes de agentes trabalhando em conjunto nessas áreas, ampliando o acesso dos pesquisadores a conhecimentos especializados e permitindo que investiguem questões científicas mais ambiciosas.
Explore os fluxos de trabalho científicos
Cada disciplina usa dados e métodos próprios, mas a necessidade costuma ser a mesma. É preciso relacionar uma pergunta biológica às evidências adequadas e ter clareza sobre como chegar à próxima decisão.
Uma pesquisa raramente cabe em uma única ferramenta. Pense na investigação do mecanismo de uma doença. Ela pode começar com um sinal genômico, levar ao estudo de uma estrutura molecular, exigir evidências da literatura científica e culminar no planejamento de um novo experimento. Cada etapa usa dados e métodos diferentes, mas todas precisam contribuir para responder à mesma pergunta biológica.
O Rosalind Workbench ajuda a conectar essas etapas. Você pode começar com um exemplo guiado para conhecer as possibilidades e, depois, adaptar a abordagem aos seus dados, aos seus métodos e ao seu objetivo de pesquisa. Cada exemplo mostra como investigar uma pergunta biológica com diferentes ferramentas especializadas sem perder a relação entre o plano, os resultados intermediários e as evidências que os sustentam.
Explore a estrutura molecular de uma proteína
Neste exemplo, uma cientista investiga a estrutura do GLP1R ligado à semaglutida. Ela pede ao modelo que interaja com o visualizador, explique as características estruturais presentes no arquivo PDB e crie um vídeo que mostre os principais aspectos do complexo proteico.
Examine as evidências
Com os visualizadores especializados, você pode examinar os dados científicos na mesma conversa em que faz a análise. Assim, você pode observar os detalhes, fazer novas perguntas e relacionar o que vê à análise.
Primeiros passos com o Rosalind Workbench
Para experimentar esses fluxos de trabalho, abra o Rosalind Workbench no aplicativo do ChatGPT e siga as orientações iniciais.
1. Comece com uma pergunta biológica
A tela inicial oferece tarefas de pesquisa em design de proteínas, design de pequenas moléculas, segurança e potencial de desenvolvimento, estrutura e sequência, genômica e patologia, além de validação experimental. Você pode selecionar uma tarefa ou explorar as ferramentas científicas disponíveis.
2. Conecte ferramentas científicas especializadas
O próximo passo depende da pergunta. Por exemplo, quem projeta nanocorpos contra PD-L1 pode classificar os candidatos mais promissores e, em seguida, usar a tarefa de validação experimental para planejar ensaios de ligação de cinco nanocorpos e estimar os custos. Quem trabalha com pequenas moléculas pode simular o acoplamento molecular do imatinibe à ABL1, inspecionar as cinco poses mais bem classificadas e examinar as interações resultantes com as ferramentas de análise de estruturas moleculares.
Da mesma forma, a tarefa de RNA-seq com amostras de vias aéreas tratadas com dexametasona oferece a quem pesquisa genômica um ponto de partida no NGS Analysis Workbench, mantendo a pergunta biológica vinculada à análise.
Essas tarefas mostram como o design, a análise, a inspeção e a validação podem atender ao mesmo objetivo de pesquisa. Os fluxos guiados reduzem o trabalho de configuração ao passar de uma ferramenta para outra. Assim, sobra mais tempo para refletir sobre a pergunta biológica e avaliar as evidências.
3. Execute fluxos de pesquisa guiados nos seus estudos genômicos
Na análise de dados de sequenciamento, interpretar um resultado biológico costuma exigir uma série de decisões interligadas e a integração de vários conjuntos de dados. É preciso associar os arquivos aos respectivos metadados, avaliar a qualidade, identificar a réplica biológica correta e escolher um delineamento estatístico adequado.
O Rosalind NGS Workbench reúne essas etapas em um único processo que você pode revisar.
Dos dados de sequenciamento à decisão de pesquisa
A partir dos arquivos FASTQ, seja para controle de qualidade, bulk RNA-seq ou análise de células individuais, o Rosalind prepara um plano para o pesquisador aprovar, coordena as ferramentas selecionadas e apresenta resultados que podem ser rastreados e revisados.
Explore o Rosalind Workbench
Qualquer que seja o ponto de partida, o objetivo é o mesmo. Você parte de uma pergunta de pesquisa e chega a evidências que pode examinar, com um registro claro de como o trabalho foi feito e do que pode explorar a seguir.
A pesquisa avançada em ciências da vida exige tanto raciocínio complexo quanto medidas de proteção adequadas à natureza sensível das informações biológicas. O agente do ChatGPT no Rosalind Workbench oferece dois modos:
Modo de exploração: Faça perguntas científicas gerais e explore ideias com os modelos do ChatGPT aos quais você tem acesso.
Modo de pesquisa: Investigue questões biológicas mais complexas, faça análises aprofundadas e execute fluxos de pesquisa avançados. Membros verificados de uma organização podem solicitar acesso em nome dela. O acesso individual estará disponível em breve.
Reúna todas as etapas da sua pesquisa
A pesquisa costuma perder ritmo na passagem de uma etapa para outra. Os dados ficam em um lugar, a análise acontece em outro e pode ser difícil identificar os métodos usados para chegar a um resultado. Antes de decidir o que fazer a seguir, pesquisadores passam tempo demais esperando que alguém repasse o trabalho, recuperando o contexto e tentando entender o que já foi feito.
Reunir a pergunta, as ferramentas, a análise e as evidências em um só lugar facilita o acompanhamento dessas transições. Com o Rosalind Workbench, você pode revisar as decisões importantes, acompanhar como se chegou a um resultado e avançar de uma etapa para a próxima sem recomeçar nem perder o fio da investigação. Assim, você dedica menos tempo à coordenação do trabalho e mais tempo a interpretar as evidências e decidir o que testar a seguir.
Como obter acesso
Em caso de dúvidas, entre em contato pelo e-mail support@openai.com.